Master the Microbiome – Microbiome Standards

Microbiomics Made Simple

Zymo Research는 전 세계 microbiome연구자들이 편향 없는 미생물 프로파일링, 높은 재현성의 데이터, 연구자 간 직접적인 기술 지원을 통해 연구 목표를 달성할 수 있도록 지원하는 데 전념하고 있습니다. 또한 Zymo Research  만의 전문성을 기반으로 최고 품질의 키트, 도구, 서비스를 개발·제공하여 고객이 더욱 높은 신뢰도로 연구 목표를 이룰 수 있도록 돕고자 합니다.

Zymo의 핵심 가치는 단순함(Simplicity)이며, 이를 통해 연구 경험이 많은 연구자 뿐만 아니라 초보 연구자도 손쉽게 우리의 솔루션을 워크플로우에 적용할 수 있습니다.

그 결과, 고객의 microbiome 연구가 가속화되고, 해당 분야의 발전에도 기여할 수 있게 됩니다.

Microbiome Standards

Zymo Research의 Microbial Standards로 

Microbiomics 분석의 정확도와 재현성을 향상하십시오.

•전 세계 최다 인용 #1 : 1,100편 이상의 논문에서 신뢰성 검증

   * MIQ Score Portal, Fecal Reference Database 등 표준 전용 분석 Tools도 함께 제공됩니다.

Evaluate Microbiome Workflows

모든 단계의 편향 요소를 진단 및 제거

ZymoBIOMICS Microbial Standard로부터 DNA를 추출할 때 총 네 가지 방법을 사용했습니다.

: ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit / HMP fecal DNA extraction protocol / Supplier M / Supplier Q.

각 방법은 duplicates으로 진행되었고, 추출된 DNA는 Target 16S rRNA 유전자 시퀀싱을 통해 분석되었습니다. 

가장 왼쪽에는 이 Standard의 theoretical/defined을 확인하실 수 있습니다.

Accurately Defined Composition

경쟁을 넘어서는 성능과 재현성

정의된 구성, 정량된 결과, 뛰어난 정확도.

ZymoBIOMICS standards의 미생물 구성은 Shotgun Sequencing을 통해 분석되었습니다.

Microbial Standard(D6300)의 경우, DNA는 ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit를 사용하여 추출하였습니다.

Library preparation는 Kapa HyperPlus Kit로 수행되었으며, Sequencing은 Illumina HiSeq 플랫폼을 사용해 진행되었습니다.

왼쪽에는 비교를 위한 Theoretical abundance 를 확인하실 수 있습니다.

불순물 함량 최소화

Deep Shotgun Sequencing을 활용한 외래 미생물 DNA 오염 평가

본 테스트에서는 총 1억 7,800만 개의 Illumina paired-end reads가 생성되었습니다.

그 결과, P. acnes가 검출된 유일한 외래 미생물로 확인되었습니다.

Sensitive and Accurate

워크플로우의 검출 한계 테스트- Log-Distributed Abundance

ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard II (D6310)은10²–10⁸ cells 범위에서 워크플로우의 검출 한계와 정확도를 평가할 수 있습니다.

이 Data은 Standard의 NGS Shotgun Sequencing 결과를 정의된 이론 구성값과 비교하여 보여줍니다.

16S Sequencing Workflows Test

ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard II (D6311)은16S rRNA Target 시퀀싱으로 분석되었으며, 생성된 데이터는 QIIME(빨강)과 Dada2 두 가지 bioinformatics 파이프라인으로 처리되었습니다. 

비교를 위해 theoretical abundance (파랑)도 함께 표시했습니다. 

이 결과를 통해 정확도, false positive rate, 검출 한계를 평가할 수 있습니다

Microbiome Standard Products